Par rapport au génie génétique classique, les nouvelles techniques génétiques, en particulier la technologie CRISPR/Cas, sont présentées comme précises et ciblées. Néanmoins, leur utilisation comporte également diverses sources d'erreurs qui peuvent influencer tant l'efficacité que la sécurité de la méthode. Certaines sources d'erreurs qui existaient déjà dans le génie génétique classique persistent même. Toutefois, leur complexité, leur degré d'intervention plus élevé et les effets secondaires potentiels qui en découlent entraînent également des risques supplémentaires. La recherche sur ces risques en est encore à ses débuts. Compte tenu des incertitudes existantes, une évaluation approfondie, transparente et indépendante des risques est indispensable pour appréhender pleinement les risques réels et garantir la sécurité des personnes, des animaux et de l'environnement.
L'introduction des composants CRISPR/Cas dans les cellules végétales se fait souvent par transformation médiée par des agrobactéries ou par bombardement de particules. L’insertion est donc aléatoire dans le génome comme pour les processus de transgénèse. Cela comporte le risque que des fragments d'ADN supplémentaires, tels que l'ADN d'agrobactéries, soient intégrés involontairement dans le génome végétal. Cet ADN étranger peut potentiellement entraîner des expressions génétiques indésirables. Les fragments d'ADN peuvent également s'intégrer dans des organites cellulaires qui possèdent leur propre ADN (mitochondries, plastes).
La précision de la coupure de l’ADN est un problème central des ciseaux génétiques CRISPR/Cas. Des effets hors cible se produisent lorsque la nucléase Cas9 coupe à des endroits de l'ADN qui sont similaires à la séquence cible, mais qui ne sont pas identiques. Cela peut entraîner des mutations indésirables qui altèrent la fonction des gènes ou conduisent à une instabilité génomique. Bien que des variantes modernes telles que High-Fidelity-Cas9 améliorent la spécificité, les effets hors cible ne peuvent être totalement exclus.
Les effets sur cibles font référence à des modifications involontaires au niveau du site cible. Cela peut être dû à des mécanismes de réparation incomplets ou à l'activation de pseudogènes, ce qui peut entraîner des délétions importantes ou des modifications structurelles du génome.
Après la coupure par Cas9, la réparation de la coupure double brin de l'ADN a lieu. La méthode de réparation la plus courante est la jonction non homologue, qui est effectuée automatiquement par les mécanismes de réparation propres à la cellule. Cependant, celle-ci est sujette à des erreurs et peut entraîner des insertions ou des délétions. La recombinaison homologue permet des réparations plus précises, mais elle est souvent inefficace dans les cellules végétales, car la capacité de recombinaison homologue est souvent régulée à la baisse chez les plantes. Par conséquent, la plupart des modifications sont effectuées par jonction non homologue, ce qui limite la prévisibilité et le contrôle des résultats. De plus, des modifications épigénétiques indétectables par les méthodes standard peuvent survenir.
Lors de la production de plantes génétiquement modifiées, des gènes marqueurs sont souvent utilisés pour identifier les cellules transformées avec succès. Ces gènes marqueurs restent souvent dans le génome de la plante, ce qui peut entraîner des risques réglementaires et liés à la sécurité. Bien que des méthodes aient été développées pour éliminer ces gènes, leur élimination complète est difficile dans la pratique.
Par rapport au génie génétique classique, CRISPR/Cas permettent des interventions plus profondes dans le génome.
CRISPR/Cas permet de modifier plusieurs gènes simultanément. Ce multiplexage augmente la complexité des modifications génétiques et le risque d'effets indésirables.
CRISPR/Cas entraîne généralement des modifications multiples : toutes les copies de gènes ayant une séquence génétique identique ou similaire peuvent être modifiées en même temps. Dans le cas des plantes polyploïdes (par exemple le blé), qui possèdent plusieurs copies de leur génome, les interventions peuvent entraîner la modification simultanée de toutes les copies. Cela peut nuire à la stabilité de la plante et entraîner des modifications phénotypiques indésirables.
Les plantes disposent de mécanismes de réparation naturels qui protègent les fonctions génétiques contre les mutations nuisibles. Les nouvelles techniques de génie génétique telles que CRISPR/Cas peuvent contourner ces mécanismes de protection et induire des modifications dans des zones du génome qui sont normalement protégées contre les mutations. Si une séquence d'ADN modifiée par CRISPR/Cas est rétablie dans son état d'origine par les mécanismes de réparation propres à la cellule, les ciseaux génétiques peuvent reconnaître à nouveau leur région cible et y rester actifs jusqu'à ce que la structure d'origine de l'ADN soit détruite. Il est ainsi possible de désactiver ou de modifier des fonctions génétiques qui sont difficilement influençables par les méthodes de sélection conventionnelles. Cela augmente le risque de modifications imprévisibles et potentiellement nocives.
D'une paire de bases au chaos génomique : l'ampleur des erreurs possibles
Les nouvelles techniques de génie génétique telles que CRISPR/Cas promettent des modifications ciblées et mineures du patrimoine génétique. Mais la réalité est plus complexe : CRISPR/Cas permet, en modifiant certains loci, d'obtenir de nouvelles combinaisons génétiques spécifiques qui ne sont pas attendues dans le cadre d'une sélection conventionnelle. Ce n'est pas le nombre de mutations qui est déterminant, mais l'emplacement et la fonction des gènes modifiés. Même les erreurs les plus infimes, ne concernant qu'une seule paire de bases, peuvent avoir des conséquences désastreuses (par exemple l'hémophilie est due à une mutation ponctuelle sur un seul gène). Parallèlement, des dommages structurels importants sont également possibles.
| Type d'erreur | Description | Risque |
|---|---|---|
| Mutation ponctuelle (1 paire de bases) | Une seule erreur « lettre » dans le code ADN | Peut rendre des gènes inopérants ou créer de nouvelles propriétés |
| Insertion / Deletion | Insertion ou suppression de bases individuelles ou de courts segments | Peut rendre des gènes inopérants ou créer de nouvelles propriétés |
| Réorganisation du génome et chromothripsis | Réarrangement de segments du génome et fragmentation des chromosomes en de nombreux fragments qui sont réassemblés dans un ordre aléatoire et de manière erronée | Modification de la régulation génétique, imprévisible, peut être mortelle ou cancérigène |
Les thèmes abordés vont de l’utilisation des organismes génétiquement modifiés (OGM) dans l’agriculture et la production alimentaire à des sujets tels que le changement climatique et l’intelligence artificielle. L’objectif est de créer une conscience critique par l’information, la discussion et l’action, de protéger l’agriculture suisse contre les effets négatifs du génie génétique et de proposer des alternatives qui tiennent compte de l’écologie, de la biodiversité, de l’éthique, du bien-être animal et de la justice sociale.
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